Het Grote Orgel
Vanaf het begin van de Hervorming in 1572 tot 1757 werden de psalmen in Delfshaven zonder muzikale begeleiding gezongen. Het zingen gebeurde onder leiding van een voorzanger. De kerkzang nam veel tijd in beslag. Na de Hervorming werd het in Nederland de gewoonte - in tegenstelling tot de levendige Franse psalmmelodieën - om alle noten tot één en dezelfde lengte uit te rekken. Bovendien werden van de psalmen doorgaans alle verzen gezongen. De trage manier van zingen had vooral een praktische kant. In de begintijd van de Hervorming moesten veel psalmen immers aangeleerd worden en eenvoudige melodieën waren nu eenmaal makkelijker te leren. De meest gangbare psalmberijming in die tijd was die van Datheen. Deze berijming was in 1566 opgesteld en ontlokte later de nodige kritiek vanwege het verouderde taalgebruik. In 1773 verscheen dan ook een nieuwe psalmberijming, waarvoor de Staten Generaal opdracht hadden gegeven.
Het eerste orgel
Om het zingen beter te laten verlopen vroegen de kerkvoogden op 1 december 1756 aan het stadsbestuur van Delft toestemming voor het kopen van een orgel. De kerkvoogden lieten de keuze tussen een nieuw of tweedehands orgel over aan het stadsbestuur, dat de lening zou moeten verstrekken. Besloten werd om een eikenhouten orgelkas met versieringen en beeldhouwwerk uit Honselersdijk aan te schaffen. De ontbrekende pijpen werden gemaakt door Jacob Robbers. Het orgel kostte in totaal 2290 gulden en 6 stuivers. Om de schulden voor de aanschaf af te kunnen lossen gaf het stadsbestuur toestemming voor een jaarlijkse kerstcollecte ten behoeve van het orgel. Tevens gaf het stadbestuur toestemming voor het aanstellen van een organist tegen een jaarlijks traktement van 250 gulden. Het orgel werd in 1757 in de kerk geplaatst en zou een kleine honderd jaar meegaan.
Op 21 september 1852 sloten de kerkvoogden een contract af met de befaamde orgelbouwer Bätz en Co te Utrecht voor de bouw van een nieuw orgel. Aan dit orgel hing een prijskaartje van 8.170 gulden, exclusief bijkomende werkzaamheden. Een brief aan gemeenteleden om voor het nieuwe orgel in te schrijven leverde 6.180 gulden, zodat de kosten redelijk gedekt werden. In een later stadium werd onder gemeenteleden nog eens 930,50 gulden opgehaald. Het oude orgel deed op zondag 17 september 1854 voor het laatst dienst. Twee dagen daarna werd het orgel tijdens een openbare verkoping in de consistorie voor 310 gulden verkocht.
Het Bätz-orgel
Het nieuwe orgel werd in 1855 voltooid. De beroemde orgelmakersfirma J. Bätz & Co uit Utrecht stond vanaf 1849 onder leiding van de uit Duitsland afkomstige C.G.F. Witte. Deze orgelmaker was de compagnon en opvolger van Jonathan Bätz. Het bedrijf Bätz bestond al meer dan honderd jaar en kon dus putten uit een lange traditie. C.G.F. Witte en later diens zoon J.F. Witte bleven de Bätz-traditie trouw. Zij bouwden solide en krachtig klinkende orgels. Het klankconcept van de instrumenten was in de eerste plaats gericht op de ondersteuning van de in die tijd stevige gemeentezang. Naast die krachtige geluiden zijn echter op alle Witte-orgels ook zachtere, solistische geluiden te vinden, zodat de instrumenten ondanks de economisch ingerichte dispositie, toch voldoende concertante mogelijkheden bieden.
Na september 1854 werd begonnen met de bouw van de nieuwe orgelkas op een nieuwe, op marmeren kolommen rustende galerij. Het beeldhouwwerk, waaronder twee beelden op de middentoren, werd geleverd door J.C. Levendag. Nadat de kast was geschilderd, begon Witte op 16 april 1855 met de montage van het binnenwerk. Op 11 juli kon de eindkeuring worden verricht. Het werk werd voortreffelijk bevonden.
In 1957 werden enige ingrepen verricht op het orgel, waarbij weinig respectvol werd omgesprongen met het aanwezige materiaal en delen van het orgel eenvoudigweg werden weggegooid. In het begin van 2001 werd het orgel door Orgelmakerij Steendam weer in de oorspronkelijke toestand van 1855 teruggebracht. Dit hield in dat de wijzigingen van 1957 ongedaan werden gemaakt. Op 16 juni 2001 werd het gerestaureerde orgel ingewijd.